La Commission nationale de prévention de la torture (CNPT) est indépendante de par la loi, mais elle est rattachée administrativement au Secrétariat général du Département fédéral de justice et police (DFJP): elle n’est pas soumise au pouvoir d’instruction de celui-ci, mais doit respecter les exigences de la Confédération sur le plan financier. Après avoir consulté des experts, la CNPT elle-même arrive à la conclusion que ce rattachement administratif nuit à son image d’autorité indépendante, eu égard, en particulier, à son activité de contrôle dans le domaine de la privation de liberté, dans lequel la Confédération, et en particulier le DFJP, ont aussi des compétences. Le manque d’autonomie financière réduirait par ailleurs la marge de manœuvre opérationnelle de la CNPT, ce qui entraverait son indépendance fonctionnelle, en contradiction avec les prescriptions internationales. 

Cette dépendance formelle «peut sembler pragmatique du point de vue de la Suisse, mais elle prête le flan à la critique internationale et ne manquera pas de poser problème, à terme, en raison du renforcement des activités de contrôle de la CNPT», note celle-ci dans son denier rapport d’activité.

Pour remédier à cette situation, ladite commission propose d’être mise au bénéfice d’une personnalité juridique propre ou, alors, d’être rattachée à un autre département dont le domaine de compétence n’aurait pas de proximité avec le sien. Une troisième solution consisterait en un rattachement à la future Institution nationale des droits de l’homme (INDH).